Bİlgİsayar Desteklİ İlaç Tasarımı

Katsimula

Bilgisayar destekli (Rasyonel) İlaç Tasarımı , farmasötik ilaç keşfine yönelik yeni akılcı yaklaşımlar geliştirerek özellikle mevcut kimyasal biyoloji tarama teknikleriyle birlikte kullanıldığında umut vadeden ilaç adaylarının araştırılmasında etkili bir araçtır.İlaç keşif sürecinin ön aşaması için ilaç geliştirme sürecini daha maliyet etkin bir şekilde hızlandırmak ve son aşamadaki hataları en aza indirmek için en iyi ilaç firmaları ve diğer araştırma grupları tarafından bu tekniklere başvurulmaktadır.

Ekibimiz bilgisayar destekli ilaç tasarımı (yapı temelli: Docking, Ligand temelli: farmakofor, QSAR) ve hesaplamalı protein yapı modelleme (homoloji modelleme, MD simülasyon) tekniklerini kullanarak ıslak laboratuvar çalışmalarındaki zaman ve maliyeti azaltmaya odaklı çalışmalar yürütmektedir. Ekibin bu faaliyet alanları ilgili ulusal ve uluslararası birçok projeleri ve yayınları bulunmaktadır.

Proje Hakkında Detaylı Bilgi

proje EKİBİMİZ

Person

Öğr. Gör. Dr. Ercüment YILMAZ

Proje yürütücüsü

Karadeniz Teknik Üniversitesi İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri Bölümü mezunudur. Yüksek lisans ve Doktora derecelerini Karadeniz Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği ABD'da almaya hak kazanmıştır. Post-Doktora çalışmalarını Paris'te ISEP enstitüsünde tamamlamıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Bilgisayar Teknolojileri Bölümü bünyesinde öğretim görevlisi olarak görev yapmaktadır. Aynı zamanda Yılmaz Bilişim'in kurucusu ve şirket müdürüdür.

Person

Doç.Dr. Gizem TATAR YILMAZ

PROJE EŞ YÜRÜTÜCÜSÜ

Haliç Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü mezunudur. Yüksek lisans eğitimini Kadir Has Üniversitesi, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoenformatik ABD’da ve Doktora öğrenimini Gaziantep Üniversitesi, Biyoenformatik Ve Bilişimsel Biyoloji ABD'da tamamlamıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi ABD’da öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.


Person

Doç.Dr. Fatih KOCABAŞ

İLAÇ GELİŞTİRME & AR-GE

Orta Doğu Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü mezunudur. Doktora öğrenimini Doktorasını University of Texas Southwestern Medical Center Dallas’ta Genetik programında tamamlamıştır. Yeditepe Üniversitesi Genetik ve Biyomühendisliği Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Aynı zamanda Meinox İlaç Teknolojileri A.Ş firmasının kurucusudur.


Person

Dr. Öğretim Üyesi Cihan İNAN

BİYOENFORMATİK  & AR-GE

Karadeniz Teknik Üniversitesi Biyoloji Öğretmenliği mezunudur. Yüksek lisansını İstanbul Üniversitesi  Moleküler Biyoloji Ve Genetik ABD'da tamamlamıştır. Doktora derecesini Karadeniz Teknik Üniversitesi  Biyoloji  ABD'da elde etmiştir. Karadeniz Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.

SEÇİLİ YAYINLAR

1. Mermer Arif, Demirci Serpil, Tatar Yilmaz Gizem (2022). "Synthesis of novel pancreatic lipase inhibitors: Biological investigation and in silico studies.", Journal Of Biomolecular Structure And Dynamics, 40(2), 931-940., Doi: 10.1080/07391102.2021.1950573

2. Tatar Gizem, Ozyurt Ezgi, Turhan Kemal (2021). "Computational drug repurposing study of the RNA binding domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein with antiviral agents.", Biotechnology Progress, 37(2), Doi: 10.1002/btpr.3110

3. Salmanlı Merve, Tatar Yılmaz Gızem, Tüzüner Tamer (2021). "Investigation Of The Antimicrobial Activities Of Various Antimicrobial Agents On Streptococcus Mutans Sortase A Through Computer-Aided Drug Design (CADD) Approaches.", Computer Methods and Programs In Biomedicine, 212, Doi: 10.1016/J.Cmpb.2021.106454

4. Tatar Gizem, Salmanli Merve, Dogru Yakup, Tüzüner Tamer (2021). "Evaluation of the effects of chlorhexidine and several flavonoids as antiviral purposes on SARS-CoV-2 main protease: molecular docking, molecular dynamics simulation studies.", Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Doi: 10.1080/07391102.2021.1900919

5. Tatar Yılmaz Gızem, Yılmaz Ercüment (2021). "Evaluation of Antiviral Compounds Against SARS-CoV-2 Main Protease Enzyme by Computer Aided Drug Design Methods.", European Journal of Science and Technology, 32, 1043-1047, Doi:10.31590/ejosat.1041077

Motorlu Araç Arıza Tespit Sistemi 



Katsimula

MATS

Bu proje çalışmasında temel amaç motorlu araçlar arızalarının tespiti için gerek araç kullanıcılarına gerekse araç tamir servislerindeki çalışanlara karar destek sistemi sunmaktır. Proje çalışmasında otomobillerde meydana gelen arızaların aracın çıkardığı seslerin örüntü tanıma ve makine öğrenmesi yöntemleri ile analizi ile tespiti yapılmaktadır.

Kara taşıtlarında kullanılmakta olan hareket tahrik sistemlerinde (motor sistemlerinin) ortaya çıkan mekanik arızaların, proje kapsamında geliştirilen yazılım ile kullanıcı tarafından kolaylıkla algılanabilmesi hedeflenmiştir. Böylece zaman kaybetmeden ve ileri uzmanlığa gerek kalmadan motorlu araçların arıza nedenleri ilgililere sunulmuş olacak ve büyük maddi hasarlar oluşmadan erken arıza tespiti yapılabilecektir.

proje EKİBİMİZ

Person

Öğr. Gör. Dr. Ercüment YILMAZ

Proje yürütücüsü

Karadeniz Teknik Üniversitesi İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri Bölümü mezunudur. Yüksek lisans ve Doktora derecelerini Karadeniz Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği ABD'da almaya hak kazanmıştır. Post-Doktora çalışmalarını Paris'te ISEP enstitüsünde tamamlamıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Bilgisayar Teknolojileri Bölümü bünyesinde öğretim görevlisi olarak görev yapmaktadır. Aynı zamanda Yılmaz Bilişim'in kurucusu ve şirket müdürüdür.

Person

Doç. Dr. Önder AYDEMİR 

ARAŞTIRMACI & ar-ge

Karadeniz Teknik Üniversitesi Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü mezunudur. Yüksek lisans ve Doktora derecelerini Karadeniz Teknik Üniversitesi Elektrik-Elektronik Mühendisliği ABD ‘da almaya hak kazanmıştır. Post-Doktora çalışmalarını Viyana'da Medizinische Universitaet Wien’de tamamlamıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır

Person

Dr. Öğr. Üyesi Sinan KÖSE 

ARAŞTIRMACI & AR-GE

Karadeniz Teknik Üniversitesi Makine Mühendisliği ve Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Bölümlerinden mezunudur. Yüksek lisans derecesini Karadeniz Teknik Üniversitesi Makine Mühendisliği ABD ‘da almaya hak kazanmıştır. Doktora derecelerini Karadeniz Teknik Üniversitesi Makine Mühendisliği ABD’da ve ayrıca Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği ABD’da elde etmiştir. Tarsus Üniversitesi Makine ve Metal Teknolojileri Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.

Person

Öğr. Gör. Seda AKYAZ ALAÇAM 

ARAŞTIRMACI & AR-GE

Sakarya Üniversitesi Otomotiv  Öğretmenliği Bölümü mezunudur. Yüksek lisans derecesini Karadeniz Teknik Üniversitesi Makine Mühendisliği ABD ‘da almaya hak kazanmıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi  Makine Ve Metal Teknolojileri Bölümü'nde öğretim görevlisi olarak görev yapmaktadır.

SEÇİLİ YAYINLAR

1. Yilmaz Goktug, Mete Necip Fazil, Umusalama Umugabekazi, Aydemir Onder (2020). "Wavelet Transform and Autoregressive Model Parameter Features based Engine Fault Diagnosis System.", Journal of Investigations on Engineering & Technology, 3(2), 48-54., Retrieved from https://dergipark.org.tr/en/pub/jiet/issue/58854/826981

Karayolu Trafİk Sİmülasyonu

Bu proje 2014 yılı süresince Tübitak 1512 programı tarafından desteklenmiştir.



Katsimula

KATSİMULA

Yapılmakta olan çalışmada, bir trafik ağının farklı parametreler ile simülasyonunu gerçekleştirecek yazılım üretilmesi, bu yazılım aracılığı ile elde edilen sonuçların karşılaştırılması ile en uygun trafik mühendisliği çözümünün tespit edilmesi hedeflenmektedir.

Yazılımda bir trafik ağı, Trafik Mühendisliği kurallarına uygun olarak bilgisayar ortamında tasarlanabilecektir. . Yazılımın sunulacağı görsel, istatistiksel veriler ve raporlar gerçek hayatta daha az maliyetli, daha iyi işleyen bir trafik sistemi oluşturulması imkanını sunacaktır.

Proje Hakkında Detaylı Bilgi

proje EKİBİMİZ

Person

Öğr. Gör. Dr. Ercüment YILMAZ

Proje yürütücüsü

Karadeniz Teknik Üniversitesi İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri Bölümü mezunudur. Yüksek lisans ve Doktora derecelerini Karadeniz Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği ABD'da almaya hak kazanmıştır.  Post-Doktora çalışmalarını Paris'te ISEP enstitüsünde tamamlamıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Bilgisayar Teknolojileri Bölümü bünyesinde öğretim görevlisi olarak görev yapmaktadır. Aynı zamanda Yılmaz Bilişim'in kurucusu ve şirket müdürüdür.

Person

Dr. Öğr. Üyesi Tolga BERBER

yazılım geliştirme & ar-ge

Karadeniz Teknik Üniversitesi İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri Bölümü mezunudur. Yüksek lisans ve Doktora öğrenimini Dokuz Eylül Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği ABD'da tamamlamıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.




Person

Dr. Öğr. Üyesi Uğur ŞEVİK

YAZILIM GELIŞTIRME & AR-GE

Karadeniz Teknik Üniversitesi İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri Bölümü mezunudur. Yüksek lisans ve Doktora öğrenimini Karadeniz Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği ABD'da tamamlamıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Aynı zamanda Retina Ar-Ge Yazılım firmasının kurucusu ve şirket müdürüdür.


Person

Prof.Dr. Cemal KÖSE

Proje danışmanı

Karadeniz Teknik Üniversitesi Elektrik-Elektronik Mühendisliği mezunudur. Yüksek lisansını Karadeniz Teknik Üniversitesi Elektronik Mühendisliği ABD'da tamamlamıştır. Doktora derecesini Bristol Üniversitesi Bilgisayar Bilimleri ABD'da elde etmiştir. Karadeniz Teknik Üniversitesi Karadeniz Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.

Person

Dr. Öğr. Üyesi Ebru Arıkan ÖZTÜRK

proje danışmanı

Gazi Üniversitesi İnşaat Mühendisliği Bölümü mezunudur. Yüksek lisansını Gazi Üniversitesi Trafik Planlaması ve Uygulaması ABD'da tamamlamıştır. Doktora derecesini Gazi Üniversitesi Kazaların Çevresel ve Teknik Araştırması ABD'da elde etmiştir. Gazi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Trafik Planlama ve Uygulama ABD'da öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.

Person

Prof.Dr. Doğan GÜVEN

proje iş rehberi

Hacettep Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü mezunudur. Yüksek lisans ve Doktora öğrenimini Ege Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği ABD'da tamamlamıştır. Uluslararası Cenevre Üniversitesi Doktora Programları Direktörü & Bilgisayar Bilimleri ve İş Analitiği Programları Bölüm Başkanı olarak görev yapmaktadır.

SEÇİLİ YAYINLAR

1. Yılmaz, Ercüment. "Karayolu Trafik Simülasyonu". Diss. Karadeniz Teknik Üniversitesi, 2006., Retrieved from https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi

HİZMETLERİMİZ

Firmamız ana faaliyet konuları ile ilgili aşağıdaki başlıklarda ifade edilen hizmetleri sunmaktadır.

Yazılım Geliştirme

Firmamız ana faaliyet konusu olan yazılım geliştirme hizmetlerini kişi ve kurumlara yönelik özel çözümler ile birlikte sunmaktadır.

Proje Yazımı

Ar-Ge odaklı projelerin tasaralanması, proje iş planlarının oluşturulması, devlet ve/veya özel kurum destekli proje başvurularının gerçekleştirilmesi ile ilgili destekler sunulmaktadır.

Danışmanlık

Firmamız ana faaliyet alanları içerisinde kalan konular ile ilgili kişi ve kurumlara yönelik  her türlü danışmanlık hizmetini sunmaktadır.

Eğitim

Yazılım geliştirme, proje risk yönetimi, girişimcilik, şirket kurma vb. alanlarda kişi ve kurumlara özel eğitim hizmetleri sunulmaktadır.


Ar-Ge

Yazılım geliştirme ve proje yönetimi faaliyet alanlarında Ar-Ge desteğine ihtiyaç duyan kişi ve kuruluşlara yönelik hizmetler sunulmaktadır.

Mühendislik Hizmetleri

Özel amaçlı yazılımlar, elektronik sistemler ve donanım ürünleri kurulumu ve bu ürünlere yönelik teknik desteğin sağlanması ile ilgili hizmetler sunulmaktadır.


BAŞARILARIMIZ

2015 Inovalig yarışmasında Türkiye Genelinde Yarı Finalist ve Kategori 9. su olduk

2014 ve 2015 yıllarına Türkiye İhracatçılar Meclisi ve ATKearney kuruluşu ortaklığı ile Türkiye’de ilk kez düzenlenen İnovaLİG inovasyon yarışmasına katıldık. Farklı sektörlerde faaliyet gösteren köklü ve güçlü firmaların katıldığı organizasyonda, 2014 yılında 460, 2015 yılında ise 488 firma ile 5 farklı kategoride yarıştık. Yarı finalde farklı sektörlerdeki köklü ve güçlü firmalara karşı mücadele ettik. Türkiye ihracatçılar Meclisi ve ATKearney yetkililerini firmamızda ağırlayarak inovasyon stratejilerimiz hakkında bilgiler verdik. İnovasyon Haftası kapsamında gerçekleştirilen ödül törenlerinde “Olanak Sağlayan Etmenler (İnovasyon Kaynakları)” kategorisinde 2014 yılında 10’unculuk, 2015 yılında ise 9’culuk derecelerini elde ettik ve yarışmayı üst üste Türkiye’deki ilk 10 firmanın arasında yer alarak tamamladık.

Detaylı Bilgi: http://www.inovalig.com



INOVALIG 2015

BASINDA YILMAZ BİLİŞİM

Farklı tarihlerde verdiğimiz röportajların sonucunda firmamız Yılmaz Bilişim ve geliştirmekte olduğumuz “Trafik Simülasyonu Yazılımı” ürünümüzle ilgili haberler ulusal ve yerel basında yer almıştır

Trafik Simülasyonu Yazılımı Haberi
(TRT HABER)

TRT Haber ulusal TV kanalında Trafik Simülasyonu Yazılımı projemiz ile ilgili haber 17.05.2016 tarihinde 17:00 haber kuşağında yayınlanmıştır.

Haber Videosu

Trafik Simülasyonu Yazılımı Haberi
(A Haber)

Trafik Simülasyonu Yazılımı projesi  ile ilgili haber 15.03.2016 tarihinde  A Haber kanalında Gece Ajansı ve Sabah Ajansı haber kuşaklarında yayınlandı.

Haber Videosu

Trafik Ağının Doğru Planlanması İçin Çalışıyorlar (Hürriyet)

Trabzon'da Teknokent çatısı altında bir Yılmaz Bilişim şirketi tarafından hazırlanan proje kapsamında, yerli trafik simülasyon yazılımı üretildi.


Haberin Devamı

Trafik Simülasyonu İle İnovasyon Ödülü Kazandı (Milliyet)

Teknokent bünyesinde faaliyetlerini yürüten Ercüment Yılmaz, İnovaLİG yarışmasında inovasyon kaynakları kategorisinde  9. oldu.

Haberin Devamı

Teknokentler
Yılmaz Bilişim
(ICT Media)

IctMedia Bilgi ve İletişim Teknolojileri Dergisi Haziran 2015 sayısında Yılmaz Bilişim tanıtıldı, Trafik Simülasyonu Yazılımı projesine detaylarıyla yer verildi.

Haberin Devamı